实质等同原则（substantial equivalence principle），工学-食品科学与工程-食品安全-食源性疾病-食品安全过程控制，主要用于新食品的安全性评估。若一种新食品或食品成分与已存在的食品或食品成分实质等同，则可认为它们具有同等的安全性。实质等同原则应用中的比较内容包括生物性特性和营养成分。①生物性特性。植物包括形态、生长、产量、抗病性及其他有关农艺性状等；微生物包括分类学特征、定植潜力或侵染力、宿主范围、有无质粒、抗生素抗性、毒性等；动物包括形态、生长生理特性、繁殖、健康特性及产量等。②营养成分。包括营养素、抗营养因子、毒素过敏原等。其中营养素包括蛋白质、脂肪、糖类、矿物质和维生素等；抗营养因子指一些能够影响人体对食品中营养物吸收和食物消化的物质，如豆科作物中的蛋白酶抑制剂、脂肪氧化酶和植酸等；毒素是一些对人体产生有毒有害的物质，如马铃薯中的茄碱、番茄中的番茄碱等；过敏原指可引起某些人食用后产生过敏反应的一类物质，如巴西坚果中的种子清蛋白。1993年经济合作与发展组织（OECD）提出评价转基因食品的安全性的实质等同原则。