系统思维方法即通过系统思维而实现整体综合的认识方法。19世纪以前，还原思维方法一直是自然科学与社会科学的基本方法，即一种先把整体分解为部分，再从部分的总和把握总体的单变量的、分解式的思维方法。19世纪的三大发现揭示了客观世界的普遍联系，导致了还原论与反还原论的论战。马克思主义的辨证唯物论关于“自然界的所有过程都处于一种系统联系中”的哲学思想，彻底地批判了还原论，但系统思维方法作为科学方法，直到20世纪中叶以后，随着“三论”的确立才占据了主导地位。系统方法是现代科学思维的基本方法，它是以系统理论为基础，把对象作为多方面联系的动态整体来加以研究的方法。简单来说就是对事情全面思考，不只就事论事，而是把一件事放在普遍的联系中，是把想要达到的结果、实现该结果的过程、过程优化以及对未来的影响等一系列问题作为一个整体系统进行研究。这种思维方法是人类掌握的最高级、最科学的思维方式。