伊斯兰教苏菲主义学者按照本派思想主张对《古兰经》所作的神秘性的注释。10～12世纪，伊斯兰教苏菲主义广为流传并建立了自己的教义思想体系以后，这种思想通过苏菲教团渗入到逊尼、什叶两大派的思想之中，给伊斯兰教各种学科染上神秘主义的色彩。这种影响也反映到了《古兰经》的注解内容之中。苏菲主义学者不仅给那些“意义隐晦”的经文以更加深奥的解释，就是一般比较易懂的经文在他们看来也具有字面以外的神秘内容，可以根据原文的意义加以发挥。他们突出了《古兰经》中关于重后世的内容，强调逃避尘世、出世修行的思想。10世纪伊朗的一位苏菲主义领袖赛海勒·突斯特里编著的《古兰经注》是最早的苏菲派经注之一。在苏菲主义逐步渗入到逊尼、什叶派后，这两派中崇奉苏菲主义的学者，分别将苏菲主义思想溶于自己的学术思想之中，他们在自己的经注中除了引证大量的苏菲主义的文学作品，如故事、诗歌等，以加强苏菲思想的宣传外，还着重注入，“清心养性”、“克制私欲”、“爱真主”、“求永生”、“入主合一”等主张，甚至有人主张放弃伊斯兰教的主要功课，而用“赞念安拉”、“保守秘密”解释《古兰经》中的礼拜和斋戒。