在向诸佛礼拜忏悔自己的罪过时，特别就眼、耳、鼻、舌、身、意六根，一一忏悔罪障。大乘经论中所说的忏悔，其特色在于伴以拜及其他行仪，以忏悔罪障。六根忏悔即其中之一种。关于六根忏悔，《分别经》以六根为六欺，又有《文殊悔过经》的六根悔过、《现在贤劫千佛名经》的六根忏悔等，但最具代表性的是——依据《观普贤菩萨行法经》及其忏法、行法类，对六根所作的忏悔法。该经云（大正9·390c）：“普贤菩萨为于行者，说六根清净忏悔之法，如是忏悔，一日至七日。以诸佛现前三昧力故，普贤菩萨说法庄严故，耳渐渐闻障外声，眼渐渐见障外事，鼻渐渐闻障外香，广说如妙法华经。