清馥殿建成于明朝嘉靖十年（1531年）。十一年三月，在清馥殿前建丹馨门和锦芳、翠芬二亭。清馥殿是明世宗嘉靖行香之所。康熙初年，因急修孝陵，材料短缺，故而将西苑清馥殿拆除，在清馥殿基址，又建成“弘仁”寺。《明宫史》宫殿规制记载：“金海石桥之北，河之西岸向南，曰玉熙宫、曰承华殿即迎翠殿、曰宝月亭、曰芙蓉亭、曰清馥殿、曰丹馨殿、曰锦芳亭、曰翠芬亭、曰长春门、曰昭馨门、曰瑞芬门、曰馥景门、曰仙芳门、曰馥东门、曰馥西门、曰澄碧亭、曰腾波亭、曰飞霭亭、曰腾禧亭即黑老婆殿也，曰妈妈井。”以上这些明朝宫殿群，位于当今北京北海团城西之石桥西头，北海之西岸，顺河向北至五龙亭而建。清馥殿前建有丹馨门和锦芳、翠芬二亭。在西苑建清馥殿同时，还建有帝社、帝稷之坛和恒裕仓。清馥殿是行香之所，世宗崇信道教，经常在这里与群臣做道场，也常陪同其生母兴国皇太后幸清馥殿，嘉靖帝至西苑清馥殿等处活动近三十年。