调节肠道菌群（regulate intestinal flora），工学-食品科学与工程-食品营养-营养素补充剂，调节人体胃肠道中微生物的比例组合，促进机体健康的功能。肠道菌群中有益菌又称益生菌，包括双歧杆菌、乳酸杆菌等，能合成多种维生素，参与糖类和蛋白质代谢，促进肠道蠕动，抑制有害菌的生长等。具有调节肠道菌群功能的食品有益生菌制品、功能性低聚糖、膳食纤维等。益生菌制品包括乳酸杆菌、双歧杆菌的活菌制剂及其发酵制品，在生长过程中与有害菌竞争氧与养分，并可帮助保持肠道健康环境，减少有害菌繁殖。功能性低聚糖包括水苏糖、棉籽糖等，可为肠道中的双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌提供营养，促进其增殖，并抑制有害菌生长。膳食纤维具有整肠通便、促进肠道蠕动的作用，有助于保持肠道健康环境，是有益菌的增殖因子。2012年，中国食品药品监督管理局发布《保健食品功能范围调整方案》。根据方案，“调节肠道菌群”与“通便”“促进消化”“对胃黏膜损伤有辅助保护”共同合并为“有助于改善胃肠功能”。