有机酸发酵（organic acid fermentation），工学-食品科学与工程-食品科学-食品生物技术-食品酶学，采用淀粉或其他含糖物质为原料，经微生物发酵生产有机酸的过程。利用有机酸发酵生产的有机酸可以分为两类：①与糖酵解、三羧酸循环代谢有关的有机酸，如α-酮戊二酸、柠檬酸、乳酸、苹果酸、琥珀酸等。②直接氧化生产有机酸，如乙酸、葡萄糖酸等。常用于有机酸发酵的微生物主要有黑曲霉（生产柠檬酸及葡萄糖酸）、醋化醋杆菌（生产醋酸）、德氏乳杆菌（生产乳酸）、酵母菌（生产α-酮戊二酸）、土曲霉（生产富马酸、衣康酸、曲酸）、铜绿假单胞菌（生产水杨酸）、谢氏丙酸杆菌（生产丙酸）等，其中真菌是生产有机酸的主要菌种。由微生物合成的有机酸种类很多，且逐年增加，但已应用于工业生产的有机酸尚属少数，主要有柠檬酸、乳酸、醋酸、葡萄糖酸、衣康酸、苹果酸、丙酸、琥珀酸、水杨酸、抗坏血酸、曲酸、赤霉酸等。其中柠檬酸发酵、乳酸发酵和醋酸发酵在食品工业具有广泛的应用。发酵生产的有机酸产品被认为是食品、医药生产中最安全的原料或辅料，因此发酵法生产有机酸已成为有机酸生产的主要方法。