代谢控制发酵（metabolic control fermentation），工学-食品科学与工程-食品科学-食品生物技术-食品酶学，通过改变微生物的遗传特征或控制发酵条件，实现人为控制微生物代谢途径而使得目标代谢产物大量生成、积累的发酵技术。在发酵工业中，为了大量积累某一代谢产物，常人为地打破微生物的自动代谢调控机制，使代谢朝人们希望的方向进行。氨基酸发酵是典型的代谢控制发酵。正常情况下微生物自身不能过量积累氨基酸，必须打破微生物的正常代谢调节途径，才能使微生物大量合成和积累氨基酸，从而实现氨基酸的工业化生产。代谢控制发酵应用于食品发酵工业，可提高氨基酸、有机酸、醇类、多糖、核酸类物质、维生素、色素等发酵产物的产率。食品工业中常用的微生物代谢控制方法有控制发酵条件、改变细胞膜通透性、改变微生物遗传特性等。①控制发酵条件。发酵条件既影响菌体的生长，又影响代谢产物的合成，可严格控制发酵条件，以获得最大的产率。②改变细胞膜通透性。微生物细胞内的代谢产物不能随意通过细胞膜分泌到细胞外，一些代谢产物累积在细胞内，过量的代谢产物会通过反馈抑制作用限制代谢产物的进一步合成。