柠檬酸发酵（citric acid fermentation），工学-食品科学与工程-食品科学-食品生物技术-食品酶学，微生物利用淀粉或糖类等原料发酵制得柠檬酸的过程。微生物利用糖质原料通过糖酵解途径生成丙酮酸。丙酮酸进一步氧化脱羧生成乙酰辅酶A。乙酰辅酶A和丙酮酸羧化所生成的草酰乙酸缩合成为柠檬酸。柠檬酸是代谢过程中的中间产物。大多数微生物在代谢过程中均能合成柠檬酸，但柠檬酸可在乌头酸水合酶和异柠檬酸脱氢酶共同作用下降解，故正常代谢情况下极少有柠檬酸的积累。只有当微生物体内的乌头酸水合酶和异柠檬酸脱氢酶活性很低而柠檬酸合成酶活性很高时，柠檬酸才能大量积累。淡黄青霉、黑曲霉、温氏曲霉、解脂假丝酵母、毕赤酵母、球拟酵母、汉逊氏酵母等微生物均有产生过量柠檬酸分泌到培养基的能力，其中黑曲霉、温氏曲霉和解脂假丝酵母产柠檬酸能力较强。而黑曲霉因产柠檬酸能力较强和能利用多种碳源，是生产柠檬酸的最好菌种。柠檬酸发酵的生产条件与菌种、工艺、原料有关。黑曲霉产柠檬酸的适宜温度为28～30℃，温度过高易形成草酸、葡萄糖酸等副产物且菌体易衰老；温度过低，发酵周期则被延长。