菌种培养（strain culture），工学-食品科学与工程-食品科学-食品生物技术-食品酶学，将保藏于冷冻干燥管、沙土管等处于休眠状态的菌种，接入试管斜面活化后，经摇瓶及种子罐逐级扩大培养，获得一定数量和质量纯种细胞，用于后续发酵的过程。又称微生物种子培养。微生物种子培养一般分为实验室阶段和生产车间阶段。其中，实验室阶段包括斜面活化和实验室种子培养；生产车间阶段包括种子培养和发酵培养。实验室种子多采用摇瓶培养，又称摇瓶种子。将实验室种子接入种子罐扩大培养得到的种子称一级种子。一级种子接入较大的种子罐进一步扩大培养得到二级种子，依此类推。利用一级种子发酵称一级种子扩大培养或二级发酵；利用二级种子发酵则为二级种子扩大培养或三级发酵，依此类推。发酵级数主要取决于菌种生长特性、孢子发芽及菌体繁殖速度和发酵罐的容积。细菌生长快，种子用量比例小，发酵级数也较少，如谷氨酸等氨基酸类产品以及部分酶制剂类产品可用二级发酵：茄形培养瓶→种子罐（一级种子）→发酵罐。