腭扁桃体是一对扁卵圆形的淋巴器官，位于扁桃体窝内。扁桃体窝:口咽外侧壁在腭咽弓和腭舌弓之间的三角形凹陷。粘膜上皮向实质内下陷形成不陷窝，称扁桃体小窝。扁桃体前下部分被子腭舌弓遮盖，其上端未被覆盖的部分由结缔组织构成的扁桃体体囊包绕，此囊仅借疏松结缔组织与咽肌相连。此处常是扁桃体周围脓肿形成部位。咽淋巴环由腭扁桃体、咽扁桃体、咽鼓管扁桃体、舌扁桃体组成。扁桃体位于消化道和呼吸道的交会处，此处的粘膜内含有大量淋巴组织，是经常接触抗原引起局部免疫应答的部位。口咽部上皮下的淋巴组织团块。在舌根、咽部周围的上皮下有好几群淋巴组织，按其位置分别称为腭扁桃体、咽扁桃体和舌扁桃体。