基因-环境相互作用（gene-environment interaction），工学-食品科学与工程-食品营养-表观遗传学-全基因组相互作用，对于含有不同基因型的个体，环境因素与健康效应间的统计学关联的程度或方向不同，或者对于处于不同环境暴露条件下的个体，基因型与健康效应间的统计学关联的程度或方向不同的现象。基因-环境相互作用可以理解为遗传因素对环境因素易感性的影响。在许多疾病，特别是常见慢性病或复杂性状疾病的发病中具有重要意义。绝大多数人类疾病是遗传易感性和环境因子相互作用的结果。基因和环境因素彼此依赖，共同作用于一个生物学表型，缺少其中任何一个因素，疾病均不会发生。一般不要求必须具有统计学交互作用。对于基因-环境相互作用的深入研究，有助于了解人群易感性差异的原因，进而对环境与疾病、基因与疾病的关系有更深入的认识。