次级代谢产物发酵（secondary metabolites fermentation），工学-食品科学与工程-食品科学-食品生物技术-食品酶学，以与微生物生长、繁殖无关的一类代谢产物为目标产物的发酵过程。不同微生物产生的次级代谢产物不同，可能积累在细胞内，也可能分泌到外环境中。次级代谢产物发酵过程中菌体的代谢过程可分为菌体生长、产物合成和菌体自溶3个阶段。①菌体生长。产生菌接种于发酵培养基后，经过一定时间的适应后开始生长和繁殖。②产物合成。随着碳源、氮源和盐等营养物质不断被消耗，菌体浓度显著增加，直至某种营养素（如溶氧等）成为菌体生长的限制性因素，菌体生长速率减慢。此时与菌体生长相关的酶活力开始下降，与次级代谢相关的酶开始出现，发酵进入产物合成阶段。该阶段菌体合成次级代谢产物，产物产量逐渐增多直至达到高峰、生产速率达到最大，之后产物合成能力衰退；而菌体基本不繁殖，以碳源、氦源的分解代谢和产物的合成代谢为主。外界环境的变化极易影响该阶段的代谢即产物的合成。