纯种发酵（pure fermentation），工学-食品科学与工程-食品科学-食品生物技术-食品酶学，在成分较单一的发酵基质中，仅接入一种微生物，利用纯种微生物生长代谢得到目的产物的发酵方法。纯种发酵使用单一的微生物，菌体生长快速，发酵速度快，发酵过程易控制，产品质量稳定。但纯种发酵对发酵设备和环境要求较高，需要严格的灭菌措施和空气净化系统。此外，纯种发酵代谢产物较少，生产的产品风味较简单。因此，纯种发酵适合生产成分单一、纯度要求较高、无风味要求的产品，如有机酸、氨基酸、抗生素等。纯种发酵在食品工业中主要用于生产柠檬酸等食品添加剂和氨基酸等食品营养强化剂，但随着风味物质测定技术和添加剂研究的发展，调香技术和纯种发酵技术联合使用可能成为未来传统发酵食品工业化的趋势。