医院始建于1935年5月福州成立的福建省立福州产育院，1938年抗日战争时期迁到沙县西门，建立临时诊所先后称福建省立高级助产职业学校附属医院、福建省立产院。1996年通过卫生部评审成为全国首家三级甲等妇幼保健院，2003年经福建省卫生厅批准增加“福建省妇儿医院”第二称谓。福建省妇幼保健院遵循“以保健为中心、以保障生殖健康为目的、实行保健与临床相结合、面向群体、面向基层和预防为主”的工作方针，以一院两部（保健部、临床部）形式, 担负全省妇女儿童保健技术业务指导和妇女儿童常见病、多发病及疑难病症的诊治、教学、科研工作。