该寺始建年代不详，因寺内存有一方落款为唐代天宝元年(公元742年)王鉷所撰的《创建清真寺碑》，有始建于唐的传说，但经古今中外学者如海思波、陈垣、白寿彝、桑原骘藏、杨晓春等论证为明代伪托，加之清真大寺所在地唐时属于唐皇城右武卫、右骁卫衙署，绝无迁署建寺的可能。元中统年间重建，称回回万善寺，此说亦不可靠，因寺内所存元碑同为明代伪托;明洪武二十五年(1392年)再次修葺扩建，称清修专;清乾隆三十年(1765年)教民再次募资重修，称清真寺。以后又有多次修葺。至1984年，在政府的关怀下，对该寺又进行了一次彻底的修葺。1956年陕西省人民政府公布为省级重点文物保护单位。化觉巷清真寺以后又有多次修葺。至1