厦门市国家税务局成立于1994年9月,是国家税务总局直接管理的正厅级单位,履行省级税务机关的税收管理权限,负责本辖区所属税种的征收管理和纳税服务工作。全系统现有纳税人17万户,其中增值税一般纳税人5.5万户。下辖32个正处级单位(部门),包括16个处室、3个直属机构、5个事业单位以及8个全职能区局。全市国税系统现有在职干部职工976人,其中公务员931人,事业干部36人,工勤人员9人,离退休干部职工121人。2018年6月15日,新组建的国家税务总局厦门市税务局正式挂牌,此举标志着原厦门市国家税务局、厦门市地方税务局正式合并。