清初期，承袭未入关前的旧规，以满洲特有的旗制为其本部骨干，基本上按明代制度统治汉人。直到雍正、乾隆两朝，才逐步调整，得以比较稳定下来。顺治十五年（公元1658年）七月，清王朝参照明制，改内三院为内阁。大学士改加殿、阁头衔，称“中和殿大学士”、“保和殿大学士”、“文华殿大学士”、“武英殿大学士”、“文渊阁大学士”、“东阁大学士”（乾隆十三年去掉中和殿，增入体仁阁，成为三殿三阁）。大学士的品级改为正五品，这也是参照明制，怕大学士权力过重，而特降低其品秩，借以抑制。这时的内阁，虽具有掌握最高政权的中枢机关的雏形，但因大学士降低了品秩，又减少了办事人员，所以其权任反较顺治初年之内三院为轻了。