高淳区气象局实行南京市气象局和高淳区人民政府双重领导，以南京市气象局领导为主的管理体制，在南京市气象局和高淳区人民政府的领导下，根据授权承担高淳区行政区内气象工作的政府行政管理职能，依法履行气象主管机构的各项职责。高淳区气象局为正处级单位，机构规格与高淳区区直工作部门相同。高淳区气象局内设2个机构，分别是办公室(综合管理科、行政服务科)和防灾减灾科(人工影响天气办公室)，2个直属事业单位，分别是高淳区气象台(高淳区气象服务中心)和高淳区雷电防御中心，1个地方直属事业单位高淳区气象防灾减灾中心，规格同地方政府同类内设机构级别。在编人员9人，其他工作人员11人，退休5人。在岗人员中高级工程师1人、