燃料电池控制模块（fuel cell controls module），工学-材料科学与工程-能源材料-[新能源材料]-燃料电池，从启动、运行到关机的整个过程中负责控制和协调燃料电池系统中其他模块按设定的模式和参数运行，由软件和硬件组成的装置。软件负责控制逻辑，硬件使控制逻辑得以实现。它是燃料电池系统中的关键模块。为了使电堆获得最佳性能和最长寿命，燃料电池系统必须为其中的电堆提供最佳条件，如反应物的流量、压力、湿度、温度，冷却液的流量和温度等，通过控制氢气供给模块、空气供给模块、加湿模块和热管理模块等来实现。当外界环境发生变化或输出功率需求发生变化的时候，电堆所需的最佳条件也会发生变化，控制模块给燃料电池系统中各个模块发出指令，为电堆提供新的最佳条件。当燃料电池系统中出现异常情况时，控制模块会进行判断并采取修正措施。如果控制模块不能自动修正异常情况，它会发出告警信息给控制中心；当异常情况严重到超出事先设定的极端参数时，控制模块会按事先设定好的程序采取措施，如自动切断负载、自动切断气源、关机等。