标记基因删除技术（marker gene deletion technique），农学-植物保护学-农业转基因生物安全学-〔农业转基因生物安全学概述〕-转基因技术-遗传转化技术，在转化体完成筛选后，去除转化体中标记基因的技术。使用目的标记基因（包括选择标记基因和报告基因）用于帮助在植物遗传转化中筛选和鉴定转化的细胞、组织和再生植株，一般情况下并不参与作物的改良，在转化筛选完成后就失去了使用价值；同时，它们的存在可能会给转基因生物的安全性评估增加负担，影响转基因作物推向市场。此外，转基因生物可能需要转入叠加的多个外源基因以改良复杂的性状，而标记基因的存在可能会限制多基因的转入。因此，将转基因植物中的选择标记基因删除，获得无选择标记的转基因植物（marker-free transgenic plants; MFTPs），无论是对于转基因作物安全性和商业化，还是转基因技术的发展和完善都有积极的作用。