药用植物内生真菌（endophytic fungi of medicinal plants），医学-现代医学-药学领域-生药学-分子生药学-药用资源生物工程-药用资源微生物工程，在药用植物生活史的一定阶段或全部阶段，生活于健康药用植物各种组织和器官细胞间隙或细胞内的真菌。可通过组织学方法或从严格表面消毒的植物组织中分离，或从植物组织内直接扩增出微生物脱氧核糖核酸（DNA）的方法来证明其内生。已发现的内生真菌主要为子囊菌类（Ascomycet）及其无性型，包括核菌纲（Pyrenomyetes）、盘菌纲（Discomyetes）和腔菌纲（Loculoascomyetes）等。