水生态系统监测（aquatic ecosystem monitoring），工学-水利工程-〔水资源与水生态〕-【水生态】-水生态系统保护，对河流、湖泊、水库、湿地和沼泽等淡水生态系统进行的监测活动。主要监测内容是水生生物在淡水水体中完成全部或者部分生活史的过程或者变化状况，以及影响这些水生生物类群栖息的水环境、水资源和物理生境条件等。水生态系统监测的历史已有一百多年，水生态系统监测主要有两个目的：一是提出河湖等水生态系统监测的系统方法和技术手段；二是为河湖等水生态系统的管理提供技术支撑。美国的水生态系统监测体系较为完整，针对不同类型的河流湖泊在国家层面提出了系统的监测方法，这便于长期生态监测数据的可比性。欧洲的水生态系统监测体系在各个国家的发展情况不同，鉴此《欧盟水框架指令》中提出了建立相对统一的监测技术体系。相对于湖泊，河流生态系统监测的历史较短，在20世纪70年代之后，美国、澳大利亚、南非和欧盟等国家才逐步建立起了相对较为统一的河流生态调查技术方法。但从全球范围内来看，河流生态调查的技术方法还在发展和整合之中。中国的淡水水生态系统监测工作起步较晚，发展较不平衡。