海洋生态监控区（marine ecosystem monitoring and regulation region），理学-海洋学-海洋环境科学-海洋环境预测，依据海洋生态特征和重要性、通过生态监测和评价而划定的保护管理和开发利用的海洋区域。海洋生态监控区设立的原则主要包括：①属于近岸海域典型生态系统类型，有较高的代表性或特殊性；②承受社会、经济压力大的生态系统；③监控区有可实施调查研究的相应机构及相关的历史资料；④对监控区的监测和管理可以与中国海洋环境监测、赤潮监控、海洋科研和实践项目等相衔接。2004年开始，中国国家海洋局（今自然资源部）在全国近海范围内实施生态监控区制度，主要生态类型包括河口、海湾、滨海湿地、珊瑚礁、红树林、海草床等典型海洋生态系统。监控内容主要包括：生境状况，即动力环境、地质环境、完整性、营养状况；生态结构，即生产力、生物多样性、种群、群落、景观；生态功能，即重要生物资源状况、海洋功能区服务能力；生态压力，即污染输入、工程建设破坏、过度开发利用；生态安全，即外来物种、病害、食品安全等。