微生物生态类群（microbial ecological groups），理学-生态学-微生物生态学-微生物生态类群，生态行为、生活习性或生态功能相似的微生物种群组合。微生物生态学类群是生态学名词，而不是分类学名词。根据微生物与宿主和环境的关系，主要分为如下类群。按照微生物与氧的关系，可分为好氧微生物、厌氧微生物和兼性厌氧微生物。按照微生物对外界环境因素的耐受性，可分为普通微生物和极端微生物，后者包括嗜热菌、嗜冷菌、嗜碱菌、嗜酸菌、嗜盐菌、嗜压菌等。按照生境可分为土壤微生物、水体（海洋、湖泊、河流）微生物、植物微生物、动物微生物、人体微生物等。土壤微生物可分为根际土壤微生物和非根际土壤微生物；水体微生物可分为浮游微生物和沉积微生物；植物微生物可分为内生微生物和表生微生物；动物微生物可分为体表微生物、体内微生物、肠道微生物；人体微生物可分为体表微生物、口腔微生物、呼吸道微生物和肠道微生物等。根据微生物与动植物之间的关系，可分为共生微生物（如菌根菌、固氮菌、内生菌)、腐生微生物、病原微生物等。