微生物群落演替（microbial community succession），理学-生态学-微生物生态学-〔微生物种群与微生物群落〕-微生物生物地理-微生物群落演替，一种微生物群落被另一种微生物群落取代的过程。在正常情况下，大多数微生物群落结构是相对稳定的。由于环境因素对微生物群落分布具有选择性，所以微生物群落结构、组成和丰富度会因环境条件的不同而有所差异。例如，盐湖作为地表重要而特异的水生系统之一，栖息着多种多样的微生物群落。因为在含盐环境中微生物的能量代谢过程受到盐度渗透压的限制，所以盐度是导致盐湖泊微生物群落演替的主要因素。一般而言，β-变形菌（Betaproteobacteria）偏好淡水湖泊环境，然而α-变形菌（Alphaproteobacteria）和γ-变形菌（Gammaproteobacteria）偏好高盐度湖泊环境。按演替变化的原因，微生物群落演替可分为自生演替（autogenic succession）和异生演替（allogenic succession）。