作物基因型鉴定

作物基因型鉴定（genotypic identification），农学-作物学-作物种质资源-作物种质资源鉴定-作物基因型-作物基因型鉴定，通过开发目标位点的特异引物，对大样本进行扩增分析来鉴定品种或个体基因型的方法。比较简单常用的鉴定方法为PCR扩增结合DNA测序。品种重测序：在水稻等有高质量参考基因组的作物中，用二代测序技术大规模进行种质资源的重测序，通过DNA序列的比对分析，发现大量的多态性位点（如单核苷酸变异SNP、缺失插入突变）。SNP芯片：在一些基因组参考序列不太完美或缺乏基因组信息的孤儿作物中，通过外显子捕获、简化基因组测序、表达文库测序等手段，也可开发大量的SNP标记，用于基因型鉴定、多样性分析和育种工作，全球在玉米、小麦、大豆等作物中前后都开发过一批商业化芯片。单元型分析（haplotype）：基因是遗传信息的载体，是位于染色体上的特定DNA片段。单个作物的基因总数都在3万个以上，每条染色体上都有数千个基因，位于同一染色体上比较靠近的基因之间通常称为连锁基因。