海洋功能区监测（marine functional area monitoring），理学-海洋学-海洋环境科学-海洋环境预测，根据海洋功能区的性质及有关规范和标准，调查和检测海洋功能区环境监测指标，掌握其动态变化特征和发展趋势，进而评价和判断功能区的生态环境状况和功能适宜性。2002年中华人民共和国国务院发布了中国第一个《全国海洋功能区划》，各省市自治区和部分地市据此陆续发布了地方性海洋功能区划，用以指导、约束和管理海洋开发与保护活动；国家海洋局（现自然资源部）及其下属监测部门据此陆续开展了海洋功能区监测工作。2015年国务院发布了《全国海洋主体功能区规划》，推动了海洋主体功能区监测工作的开展和实施。中国海洋功能区监测范围包括中国管辖的内水、领海、毗邻区、专属经济区、大陆架及其他海域（香港、澳门特别行政区和台湾地区毗邻海域除外），分为八大类功能区开展监测，即农渔业区、港口航运区、工业与城镇用海区、矿产与能源区、旅游休闲娱乐区、海洋保护区、特殊利用区和保留区。