水产蛋白质组学（aquaculture proteomics），农学-渔业-水产养殖-水产遗传育种学-[水产育种生物技术]-水产分子育种-水产蛋白质组学，以水产生物，特别是水产养殖生物及其病原菌为主要对象的一类蛋白质组学研究。对促进水产养殖可持续发展和保障食品安全具有重要意义。是蛋白质组学的一个重要研究内容，是蛋白质组学按照研究对象而形成的一个重要研究分支。随着蛋白质组学的产生，其理论和技术于21世纪初始引入水产生物的研究领域，并不断发展，成为水产生物研究中不可缺少的理论和技术。以水产生物，特别是水产养殖生物及其病原菌为主要对象，对蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平、翻译后修饰、蛋白与蛋白相互作用等大规模的研究，促进了从蛋白质整体水平上揭示细胞生理生化机制、阐明生命活动规律、认识病理生理本质、筛选相关关键生物标志物、发现疾病防治方法、发展疾病诊断和治疗方法等的发展。由此，水产蛋白质组也可以狭义定义为主导某种水产生物表型的全部蛋白质，即差异蛋白质组。