环境微生物组(environmental microbiome),理学-生态学-微生物生态学-环境微生物组,环境样品中全部微生物及其基因的总和。环境微生物组研究通常利用生物组学技术研究不同生境中微生物群落的组成、结构、动态变化和功能等。人们对环境微生物的认识有限,大量的环境微生物尚不能在实验室中进行培养和研究,而对已分离纯化的环境微生物的生理活性和代谢潜能的认识仍然不足。环境微生物组借助环境微生物基因组学、转录组学、蛋白组学、代谢组学等组学技术,研究环境微生物群落之间的相互关系、群落结构和功能的关联、微生物群落各物种间的关系以及群落结构与生态系统的关系等科学问题。以测序和基因芯片技术为基础的微生物宏基因组学(metagenomics)研究是最为热点的研究方向,它也为其他微生物组学的研究提供了基础。关于宏转录组学(metatranscriptomics)、宏蛋白组学(metaproteomics)和宏代谢组学(metabolomics)的研究仍处于起步阶段。组学技术的发展对环境微生物学领域产生了革命性的影响,丰富了学者对于环境微生物基因资源、群落结构、分布特征和功能活性的认识。