系统发育聚集（phylogenetic clustering），理学-生态学-群落生态学-群落构建-〔群落构建理论与假设〕-群落系统发育-谱系聚类，群落中亲缘关系近的物种共存在一起的格局。与之相反，群落中亲缘关系较远的物种共存在一起的格局被称为系统发育发散（phylogenetic overdispersion）。C.O.韦勃[注]等于2002年提出了群落系统发育的概念及其具体计算方法：首先，构建基于物种库的系统发育进化树，并计算群落内物种之间的系统发育距离；然后，通过比较物种间的实际系统发育距离与零模型下系统发育距离的差异，并将其标准化，获得亲缘关系指数。常用的亲缘关系指数有两种：净亲缘指数（net relatedness index, NRI）和最近亲缘指数（nearest taxon index, NTI）。前者是标准化的样方内物种间的平均亲缘距离，后者则是标准化的样方内每个物种和它亲缘关系最近的物种的亲缘距离的均值。式中和分别为观测到的群落中成对物种距离的均值和每个物种和它亲缘关系最近的物种的距离均值；和分别为不同零模型下生成的均值；为不同模拟生成值的标准差。