蛋白质复合物（protein complex），理学-物理学-〔物理学与其他学科的交叉〕-分子生物物理学，由多条肽链所形成的蛋白质体系。体系中的多条肽链通过蛋白质间相互作用而形成四级结构并发挥相应的生物功能。复合物是蛋白质相互作用的一种重要形式。通过复合过程而形成的蛋白质体系可以在较小的空间中实现多种或级联的生物过程，从而显著提高相关功能的选择性和效率，提高细胞活动的效率。由于多条肽链在生物环境中可以受到调控而分离，复合物和单链形成的多域蛋白之间存在一定的不同。其不稳定性和易变性也给结构测定提出了更高的要求，常用手段包括X射线衍射、核磁共振以及冷冻电镜等。根据复合物组成及稳定性等特点，可以将复合物进行分类，包括同质多聚体与异质多聚体、瞬变型复合物与永久型复合物等。由于复合物体系的复杂性和多样性，分类还停留在较为唯象的层面上。针对一些较小的复合物结构（如由较少数目的肽链形成的寡聚体），人们基于能量面理论，分析了复合物形成过程中单体稳定性对复合物聚合过程的影响，指出单体稳定性和复合物界面相互作用的竞争会导致不同类型的复合物组装过程。