水产转录组学（aquatic organism transcriptomics），农学-渔业-水产养殖-水产遗传育种学-[水产育种生物技术]-水产分子育种-水产转录组学，以水产动植物为研究对象，研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。是水产功能基因组学研究的重要组成部分。水产转录组学研究始于20世纪90年代美洲拟鲽（Pseudopleuronectes americanus）的表达序列标签（EST）测序，此后研究多集中于模式生物上。随后水产转录组学研究逐渐拓展到经济型水产养殖品种，如斑点叉尾𫚔、大西洋鲑、虹鳟和牙鲆等物种。2000年以后，中国科研工作者跟踪国际前沿，利用EST相关技术相继开展了真鲷、栉孔扇贝等的转录组学研究。随后，第二代高通量测序和第三代全长转录组测序技术的发明和应用使水产转录组学研究迎来革命性爆发式发展；截至2021年，几乎在所有养殖的水产生物上都开展了此项研究，发掘了大量的功能基因、调控元件及重要的分子标记。