微生物碳同化（microbial carbon assimilation），理学-生态学-微生物生态学-微生物生态功能-微生物元素转化-微生物碳转化-微生物碳同化，在微生物的作用下，空气中的二氧化碳被固定并转化成碳水化合物的过程。固定二氧化碳（CO2）的微生物主要是自养型微生物，包括：①光能自养型微生物，主要包括藻类和光合细菌，它们都含有叶绿素，以光为能源，以CO2为碳源合成菌体物质或代谢产物；②化能自养型微生物，以CO2为碳源，能源来源主要来自氢气（H2）、硫化氢（H2S）、硫代硫酸根离子（S2O32-）、铵离子（NH4+）、亚硝酸根离子（NO2-）、亚铁离子（Fe2+）等参与化学反应。自养型微生物固定CO2的生化途径主要包括：①卡尔文循环。如光合细菌和蓝细菌。包括羧化、还原和二磷酸核酮糖（RuBP）再生三个阶段。羧化是指二磷酸核酮糖（RuBP）在RuBP羧化酶的作用下与CO2结合，随后转变为2分子3-磷酸甘油酸（PGA）。