私有等位基因（private allele），理学-生态学-〔分子与进化生态学〕-分子生态学-群体遗传学-遗传多样性-私有等位基因，在基于大规模样本的种群遗传学分析中，只出现在一个种群或分类单元的特有的等位基因。这些等位基因对分子生态学、种群遗传学等领域的遗传溯源、谱系分析、种群历史重建等研究具有重要意义。例如，关于南美洲印第安人群中所携带的特有蛋白质电泳条带是最早的相关研究之一。只有当基因流很弱时，私有等位基因的数量才会增加。私有等位基因平均频率的对数与有效种群大小和基因流的乘积有近似的线性关系，因此也可被用作基因流的替代指标。