系统发育学(phylogenetics),理学-生物学-微生物学-微生物分类学-〔系统发育树〕,研究生物间的差异和相似性,确定相互之间的亲缘关系,并推断出生物进化的过程(包括进化的顺序、时间及共同祖先等)的一门学科。又称系统发生学。“phylogenetics”一词源自希腊语,意为“部落的起源”(“phylon”意为“部落”;“geneia”意为“起源”)。系统发育的研究主要是基于生物进化过程中保守的核酸与蛋白质序列、基因或基因片段,甚至脂质分子,由此构建出生物个体或类群间亲缘关系的系统发育树(phylogenetic tree,简称系统树或进化树)。早期的生物进化树是基于生物的表型特征推演出各类生物的隶属关系,人为绘制而成。它对生物学及相关学科的研究与发展发挥了重要作用。20世纪70年代,美国科学家C.R.伍斯[注]以16S rRNA(18S rRNA)基因序列和其他生物大分子为基础建立了分子系统发育树(molecular phylogenetic tree)。自此,以核酸分子为基础的系统发育学研究进入新纪元,推动着生物进化研究的快速发展。