分类与鉴定（classification and identification），理学-生物学-微生物学-微生物分类学-〔系统发育树〕，根据微生物相互间的相似性或亲缘关系将其划归为合适的类群或分类单元，应用已有的微生物分类学方法与技术，根据现有的分类系统确定某一微生物菌株分类地位的过程。分类的任务是解决个别到一般的问题。它通过收集大量的个体描述信息，经过归纳整理形成一个科学的分类系统。鉴定的任务是从一般到个别的过程，通过详细的观察、检测和描述一个未知微生物的多种特征特性，查找和对比已有的分类系统，以达到知类辨名的目的。微生物分类是组织信息的一种方式，采用的是林奈分类系统。该系统是一个等级分类系统，如大肠埃希氏菌（俗称大肠杆菌）的完整分类为细菌域、变形菌门、γ-变形菌纲、肠杆菌目、肠杆菌科、埃希氏菌属、大肠埃希氏菌。1970年，美国微生物学家R.R.科维尔[注]提出多相分类学（polyphasic taxonomy）概念，得到国际同行的认可。微生物分类主要依据基因型、表型与系统发育信息。