环境益生菌（environmental probiotic），理学-生物学-微生物学-应用微生物学-农业微生物学，一类对环境有益的活性微生物，包含细菌、真菌和放线菌等。环境益生菌可以在自然环境中定殖生存并具有很强的适应存活性，有些微生物种类还能产生一定的功能代谢产物，使环境中有害物质或微生物种群减少甚至消失，从而改善环境微生物生态平衡，发挥有益作用。常见的有巨大芽孢杆菌（Bacillus megatherium）、地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis）等。环境益生菌在水产养殖、生物肥料、土壤生态平衡修复、环境污染物降解等方面具有良好的应用前景。