支序系统学派（Hennig 1950， 1966）创立于20世纪五、六十年代，最初被称为系统发育系统学（Phylogenetic Systematics）。它与传统的进化系统学的不同之处在于它用经验的方法重建生物的系统发育关系，并应用严格的进化原理，而不是只根据主观的特征加权，形成分类。它与表型学的不同之处在于它尝试找出分类单元间的谱系关系，而不是表型的或总体相似性的关系。Cladistics支序系统学派认为，判别系统发育关系远近的唯一标准是共同祖先的近度（recency of commonancestry），共同祖先关系可以通过特征的分布分析来发现，支序学派将特征分为祖征（plesiomorphy）、共有祖征（symplesiomorphy）、衍征（apomorphy）、共有衍征（synapomorphy）和自体衍征（autapomorphy），认为只有共有衍征才是共同祖先的证据，共有祖征及由趋同进化和平行进化形成的相似性均不能作为共同祖先的证据。