畜舍消毒（barns disinfection），农学-农业工程-﹝农业生物环境与能源工程﹞，为预防、控制和消灭畜禽疫病，对畜禽养殖舍及其内用具、器械等采用物理、化学或生物学的方法进行消毒处理。可分为空舍消毒和带畜消毒。空舍消毒，是切断疾病批次间传播的重要手段。空舍消毒的程序一般包括：清扫，冲洗，消毒，熏蒸消毒和消毒效果检测。具体为：①清扫。在舍内的畜禽出栏后，清扫畜禽舍，初步清理舍内杂物，及时清除所剩饲料、药品及畜禽舍内外的粪便、杂物等，可移动的设备移出畜禽舍，清理、冲洗和阳光照射杀毒。清扫畜禽舍的顺序是先清扫畜禽舍棚顶、墙壁，再清扫饲槽、水槽、网床、围栏、笼架等，最后再清扫地面。清扫一定要彻底、全面，不留死角。清扫前适当洒水，增加舍内湿度，减少灰尘。②冲洗。彻底清除残存脏物。畜禽舍消毒效果的好坏，取决于清洗是否彻底。彻底清洗畜禽舍是减少病原体最基本的方法，冲洗可以清除70 %～90 %的细菌。先用水喷湿舍内墙壁、设备和地面，软化脏物，便于冲洗，然后用高压水枪冲洗。冲洗按照先上后下、先里后外的顺序，依次为：顶部、笼架、喂料设备、进出风口、墙壁、地面、粪道。