绝大多数肽单元连续的Cα原子处于连结它们的肽链的相反方向，称为反式肽单元（trans peptide unit)。由于空间干扰的原因，少部分可形成顺式肽单元（cis-peptide unit)，蛋白质中脑氨酸残基有时形成顺式肤单元。由于顺式肽单元肽键能量高，故不如反式肽单元稳定。20世纪30年代末L.Pauling和R.B.Corey应用X衍射技术技术研究氨基酸和寡态晶体结构，其目的是要获得一组标准键长和键角，以推导肽的构象，最终提出了肽单元（peptide unit)的概念。他们参与肽键的6个原子Ca1，C，O，N，H和Ca2（Ca1中的a1是“阿法”1下标，我打不出来，同样Ca2也是）位于同一平面。Ca1和Ca2在平面上所处的位置为反式构型，此同一平面上的6个原子构成了所谓的肽单元。其中肽键（C-N）的键长为0.132nm，介于C-N的单键长（0.149nm）和双键长(0.127nm）之间，所以有一定程度双键性能，不能自由旋转。而Ca分别与N和CO相连的键都是典型的单键，可以自由旋转。