结算仲裁是结算纠纷双方当事人把纠纷或争议提交上级管理部门进行审理所作出的判断或裁决。是维护结算纪律和结算纠纷双方当事人的合法权益，促进商品交易和资金清算顺利进行的重要举措。上级管理部门，是指按照银行结算管理权限而确定的仲裁机构。如国有商业银行系统内的结算纠纷可由其上级行仲裁，跨系统或地区的结算纠纷，可由同级中国人民银行或上级中国人民银行仲裁。属于经济合同方面的纠纷所引起的结算纠纷，由工商行政管理部门或人民法院进行仲裁。由银行进行仲裁的结算纠纷，主要是不按结算制度、办法和规定办理结算时所造成的纠纷，如延误解付，占用客户或他行资金等。其仲裁依据是结算制度、办法和规定; 由工商行政部门或人民法院仲裁的纠纷，主要是不按经济合同法的规定而引起的商品交易纠纷，其仲裁依据是合同法等。