赤道附近海域从海面至深度为50~100米的表层，是温度均匀的暖水层，其下至深度约300米处为温跃层，即赤道潜流所在的次表层。赤道潜流的厚度约200米，流幅(宽度)约300千米，约介于南纬2°至北纬2°之间 ;流轴大致与温跃层一致，最大流速达1.5米/秒，流量约为4.0×107米3/秒，流长约为1.4万千米，几乎横跨了太平洋。大西洋赤道潜流与此相近。印度洋面主要受季风控制，在赤道处的风主要是经向的，随季节更替而改变方向。故每年11月~次年的3月吹北风，5~9月吹南风，都不能产生赤道潜流;只有在3~4月才有印度洋的赤道潜流。