在一定条件下，芽胞杆菌属(如炭疽杆菌)及梭状芽胞杆菌属(如破伤风杆菌、气性坏疽病原菌)能在菌体内形成一个折光性很强的不易着色小体，称为内芽胞(endospore)，简称芽胞。尽管芽胞与孢子的英文名称均为spore，但二者的界限从来就没有混淆过，微生物学界也不曾有过分歧意见。恶劣环境下，一个细菌产生一个芽孢，条件适宜时重新成为一个细菌，数量没有增加，因此芽孢不是细菌的繁殖体，是休眠体，因此称作"芽胞"更为确切。《微生物学名词(第2版)(2012)》是全国科学技术名词审定委员会审定公布的第二版微生物学名词，其中收录"芽孢"为规范词条，又称"芽胞"。