国家防汛抗旱总指挥部在水利部单设办事机构（国家防汛抗旱总指挥部办公室），负责国家防汛抗旱总指挥部的日常工作，简称国家防总办公室。1988年6月2日，国务院的「国发34号文件」决定成立「国家防汛总指挥部」，并确定了该指挥部的人员组成。1992年8月15日，国务院将原来的「国家防汛总指挥部」改名为「国家防汛抗旱总指挥部」，规定该指挥部负责全国防汛抗旱工作的统一指挥和调度。我国政府对防汛抗旱工作高度重视。新中国成立后的1950年6月7日，经中央人民政府政务院批准，正式成立中央防汛总指挥部。首届总指挥部主任由政务院副总理董必武担任，水利部部长傅作义、军事委员会部长李涛任副主任。