该机为1936年海军11试舰载轰炸机爱知时计电机株式会社的竞争设计，海军经过审核，最后选定了爱知时计电机株式会社的11试舰载轰炸机样机，1939年正式给予99式舰载轰炸机的称号，该机一直使用到了战争结束，在战争期间发挥过极大作用。战争期间日军航母编队大部分战果恐怕都是该机获得，本来99式舰上爆击机应在1942年开始被彗星舰爆取代，但彗星舰爆在航母上使用，驾驶员要求很高，而中途岛海战日军损失了大批优秀舰载机飞行员，却无力迅速培养出大批合格舰载机驾驶员，所以多数彗星迟迟不能部署到航母上，而是成了岸基俯冲轰炸机，航母上使用的舰爆直到1944年大多数依然是容易驾驶的D3A型99式舰爆。