玉树市人民政府是玉树市人民代表大会的执行机关，是玉树市的国家行政机关，对玉树市人民代表大会和玉树藏族自治州人民政府负责并报告工作，在玉树市人民代表大会闭幕期间，对玉树市人民代表大会常务委员会负责并报告工作，每届任期五年，实行市长负责制。2013年7月3日，中华人民共和国民政部以《民政部关于同意青海省撤销玉树县设立县级玉树市的批复》(民函〔2013〕219号)批复:经国务院批准，同意撤销玉树县，设立县级玉树市，以原玉树县的行政区域为玉树市的行政区域。玉树市人民政府驻结古镇结古大道199号。玉树市由玉树藏族自治州管辖。