分子相互作用网络（molecular interaction networks），理学-物理学-〔物理学与其他学科的交叉〕-生物信息学，生物信号分子间的相互作用所构成的网络。生物系统各项生理功能的实现都是通过生物信号分子间的相互作用来完成。分子相互作用网络包括蛋白质相互作用网络、基因调控网络、DNA和蛋白质间相互作用网络及生物代谢信号网络等。对真核生物而言，其基因调控网络主要是指编码蛋白质的mRNA产生和行使生物功能过程中的调节与控制，转录调控是基因表达调控中最重要、最复杂的一个环节。蛋白质是构成生物体的重要物质，而众多蛋白质信号相互之间，通过空间构象或化学键彼此发生的结合、分离等化学反应关系，构成为蛋白质相互作用网络。代谢信号网络则是指细胞中代谢物质所发生的一系列生化代谢反应，以及调节这些反应的调控机制所组成的控制细胞内代谢和生理过程的网络。对不同层次的生物分子信号网络的分析，对于了解生物系统的工作原理、疾病的发生和治疗等都具有重大的意义。为了精确描绘分子相互作用网络，已经开发了诸多方法来研究分子间相互作用。