微生物生态进化(microbial ecological evolution),理学-生态学-微生物生态学-微生物生态进化,微生物与其生存的生物和非生物环境相互影响、协同进化,最终导致生态系统向结构更复杂、功能更完善的方向发展的过程。在此进程中,微生物不但响应和适应环境选择,还能调节和改造其所处的生物和非生物环境。该过程区别于由环境因子单方面驱动的传统生物进化过程。微生物生态进化是微生物生态和微生物进化相结合的概念。它结合了微生物进化中关于微生物种群和群落的进化和微生物生态中微生物种群和环境之间的相互作用的知识,为阐明微生物所处的生态系统的发展提供了一个独特的角度。植物根际菌落的建立以及人类病原菌进化和宿主免疫系统的进化完善都是微生物生态进化的表现,如宿主针对病原菌进化出皮肤、黏膜、血脑屏障以及免疫系统等诸多防线,而一些病原菌则进化出荚膜、黑色素等毒力因子以及穿越血脑屏障的方式。