水产基因组学（aquatic organism genomics），农学-渔业-水产养殖-水产遗传育种学-[水产育种生物技术]-水产分子育种-水产基因组学，对某种水产生物所含有的基因进行基因组作图、核苷酸序列分析、基因定位和基因功能分析的一门科学。基因组作图包括遗传连锁图谱、物理图谱、转录图谱作图。水产基因组学包括以水产生物全基因组测序为目标的结构基因组学[注]和以基因功能分析为目标的功能基因组学[注]。其中，水产生物结构基因组学主要研究水产生物基因组的结构、组成与进化；水产生物功能基因组学主要研究水产生物基因组的表达与功能，因为基因组功能包含转录和编码蛋白，所以功能基因组学又通常还包括转录组学和蛋白质组学的研究内容。水产结构基因组学研究是随着第一个水产生物全基因组测序完成而诞生的。2002年，新加坡科学家领衔完成了红鳍东方鲀全基因组解析。在此后的20年间，科学家相继完成了绿河鲀、青鳉、大西洋鳕、牡蛎、斑马鱼、剑尾鱼、半滑舌鳎、大黄鱼、鲤、草鱼、罗非鱼、菊黄东方鲀、弹头鱼、大菱鲆、牙鲆、扇贝等近40种水产动物的全基因组测序和精细图谱绘制。